Istoria comunei este de lungă durată. Oamenii s-au aşezat iniţial în apropiere de râul Desnăţui, un afluent al Dunării, care vara mai este doar un firicel de apă.
„Pe la începutul secolului al XV-lea existau pe meleagurile Olteniei întinse suprafeţe acoperite de păduri de stejar, gârniţă şi cer. Pădurea aflată la vest de actuala vatră a satului Cerăt, a fost locul unde pentru prima dată s-au aşezat cei dintâi locuitori ce s-au statornicit pe aceste meleaguri. Puţin mai spre sud-vest de cursul râului Desnăţui se afla o ridicătură de pământ căreia locuitorii îi ziceau „Cetăţuia lui Traian“. Sub acest nume a fost cunoscută prima aşezare a satului care se va numi mai târziu Ceret şi apoi Cerăt“, se arată în istoricul postat de autorităţile locale pe site-ul Primăriei Cerăt.
Certitudinea că această comunitate de oameni s-au aşezat în partea de est a Cetăţuii, pe ambele maluri ale râului Desnăţui, în mijlocul pădurii de stejari, mai este confirmată de găsirea în anul 1934 a unei comori formate din circa 200 monede de argint în zona „Livadia Barbului“ şi „Neghiobii“, se mai arată în istoric.
Satele componente ale comunei au fost Cerăt şi Malaica. Dar Malaica a dispărut, în urmă cu mulţi ani, în urma inundaţiilor puternice. Apele nu s-au mai retras, iar sătenii s-au mutat în Cerăt, către ieşirea dinspre Segarcea.